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Científicos del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa) analizaron la genómica (es decir, estudiaron gen por gen) de la primera muestra de un paciente con viruela del mono en Costa Rica.
Este procedimiento se hace para conocer cómo es el virus que circula en nuestro país, y si tiene alguna diferencia genética o mutación en relación con lo visto a nivel internacional a la que deba prestarse atención. Costa Rica es el primer país centroamericano en realizar la secuencia.
Un virus se divide en clados, cada clado es una rama del árbol de la familia. De un clado pueden salir varias variantes.
“La secuenciación de este virus es de gran importancia epidemiológica, ya que permite identificar el clado al cual pertenece el virus. Los clados se han asociado con diferentes grados de severidad de la enfermedad y tasas de mortalidad: para el clado 1, se reporta una letalidad de una de cada 10 personas infectadas en los países de África central. El clado 2 y 3 causa una enfermedad más leve y una tasa de mortalidad más baja (estimada en alrededor del 1%) y se ha descrito principalmente en África occidental”, explicó Francisco Duarte, coordinador del Laboratorio de Genómica y Biología Molecular del Inciensa.
La secuencia del primer caso detectado en Costa Rica, según esta nomenclatura, pertenece al clado 3, que corresponde al que está produciendo el reciente brote de la enfermedad a nivel mundial. Es decir, el virus analizado se caracteriza por ocasionar síntomas más leves y ser menos letal.
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La epidemiología genómica del virus de la viruela símica a nivel mundial puede ser consultada en: https://nextstrain.org/monkeypox?c=country. Entre octubre de 2017 y julio de 2022 se habían secuenciado en el mundo 529 genomas.
Las plataformas internacionales comparten los datos de los diferentes países para detectar los cambios y mutaciones del virus, dónde se ven y si estos se asocian con diferentes síntomas, evolución o agresividad. Este tipo de análisis son usuales para los diferentes patógenos que causan enfermedades infecciosas.
Esto también permite a la Organización Mundial de la Salud (OMS) emitir recomendaciones sobre el manejo y control de la enfermedad.
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¿Cómo se hace este análisis?
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La metodología consiste en tomar la muestra del paciente, extraer el material genético (el ADN del paciente, de su microbiota y del virus) y con esta información se secuencia gen por gen. Luego, con la ayuda de la Bioinformática (análisis computacionales) se identificó el material genético perteneciente al virus y se reconstruyó su genoma (la totalidad de sus genes).
Esta información se comparó con los genomas reportados por los demás países en los que se han presentado casos de viruela símica y se determinó a cuál clado o rama evolutiva pertenecía el virus. Esta metodología se denomina metagenómica en escopeta (shotgun metagenomics, en inglés).
El equipo multidisciplinario del Laboratorio de Genómica del Inciensa y de la Universidad de Costa Rica (UCR) seleccionaron los protocolos adecuados y evaluaron las estrategias bioinformáticas para analizar los datos de la secuenciación.
Estas estrategias permiten generar y contextualizar los resultados en Costa Rica e interpretarlos a la luz de la epidemiología genómica global, lo que ayuda a dar seguimiento del brote.
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