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La variante ómicron del SARS-CoV-2, virus causante de la covid-19, ya está presente en todo el territorio nacional. En cuestión de dos semanas, esta pasó a ser la más común en las muestras analizadas por los científicos costarricenses, pues se detectó en 47 de 88 casos (el 53,41%) estudiados. El restante de las muestras corresponde a la variante delta.
El equipo, liderado por el Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), aseguró que con estas nuevas muestras ya se confirman 65 casos de esta variante en el país. Hay que considerar que se analizan menos del 1% de los pacientes con el virus.
Las personas afectadas tienen edades entre 9 y 75 años; son 33 mujeres y 14 hombres. Solo uno ha requerido hospitalización. Los demás reportan dolor articular y muscular, dolor de cabeza, dolor de garganta, fiebre, tos, congestión nasal y rinorrea (secreción nasal).
De los 47 nuevos casos, 40 son costarricenses y siete extranjeros. De los nacionales, nueve indicaban haber viajado recientemente a diferentes países entre los que destacan Estados Unidos, Colombia e Israel.
¿De dónde son las personas ya confirmadas como ómicron? Los nuevos casos corresponden a seis provincias.
- San José: cantón central, Aserrí, Desamparados, Escazú, Goicoechea, Montes de Oca, Puriscal y Santa Ana.
- Alajuela: cantón Central, San Carlos, Río Cuarto y Grecia.
- Heredia: cantón Central, Barva y Santo Domingo.
- Puntarenas: cantón Central, Garabito, Quepos y Coto Brus.
- Cartago: cantón Central, Paraíso y Oreamuno.
- Limón: Talamanca.
Guanacaste no reportó casos en el último análisis, pero en el difundido el pasado 28 de diciembre ya se habían notificado en La Cruz y Liberia.
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Muestras aún bajo análisis indican aumento de ómicron
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La vigilancia genómica se realiza para determinar la presencia de las diferentes variantes del virus SARS-CoV-2 en el país. (Jeffrey Zamora)
El Inciensa tiene aún bajo estudio varias muestras en espera de estudio. De manera rutinaria, todas las muestras recibidas para vigilancia genómica son analizadas con un tamizaje para mutaciones de SARS-CoV-2 cuyo resultado puede sugerir, con una muy alta probabilidad, si se trata de ómicron. Estas deben después pasar por un análisis genómico completo (estudiar gen por gen) para confirmar o descartar que se trate de esta variante. No a todas las muestras se les realiza esta prueba.
Según esta prueba inicial, las muestras consideradas como probables por ómicron han crecido en las últimas semanas. Para la semana epidemiológica 50, del 12 al 18 de diciembre del 2021, un 20,7 % de un total de 174 muestras procesadas eran probables ómicron.
Para la semana epidemiológica 51, entre el 19 y el 25 de diciembre, este porcentaje aumentó a 68,7 % (215 de 313 muestras analizadas) y para la semana 52, que comprendió entre el 26 de diciembre al 1.° de enero, a un 82,1% (166 de 202 muestras analizadas hasta el momento).
Los resultados de este proceso son actualizados constantemente en el sitio https://bit.ly/3HUph8n.
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¿Cómo se ‘busca’ ómicron?
En una entrevista anterior, el microbiólogo Hebleen Brenes, encargado del evento del SARS-CoV-2 en el Centro de Referencia de Virología del Inciensa (laboratorio que ve todos los virus respiratorios) y Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genómica de esa misma institución, explicaron cómo se realiza una búsqueda activa de las diferentes variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés).
La vigilancia genómica comienza desde que las personas acuden a los laboratorios públicos y privados a realizarse una prueba diagnóstica. Un porcentaje de las pruebas que dan positivas son enviadas al Inciensa para su análisis. Ante el anuncio de ómicron, esta vigilancia se ha intensificado.
Hay muestras que se toman con carácter prioritario para estas pesquisas. Dentro de ellas están:
- Las personas que ingresan al país. Esto incluye a turistas y a nacionales y residentes que estuvieron fuera del país y manifiestan síntomas en los primeros 14 días posteriores a su ingreso. Esto es importante para “cercar” posibles casos infectados en el extranjero e importaran la variante.
- Focos o clústeres de infección en zonas determinadas. Brenes explica que, al ser ómicron tan potencialmente transmisible, un aumento inusitado de casos relacionados entre sí o en una zona determinada podría ser señal de aparición de la variante.
- Personas vacunadas o reinfecciones. Algunas de las mutaciones que contiene ómicron dan indicios de que podrían escapar a la protección generada por la infección natural o por las vacunas. Por ello, se le presta atención a este tipo de casos, ya que hay más probabilidades de que se trate de ómicron.
Sin embargo, el Inciensa recibe otro tipo de muestras positivas que no entren dentro de esta priorización para poder tener la mayor variedad posible.
Lo primero que se hace con las muestras obtenidas del laboratorio es ver, a través de un análisis de PCR, si alguna de ellas tiene alguna característica genética que la diferencia de delta, y que indiquen que pueda ser ómicron. De este proceso se encarga el Centro de Referencia de Virología.
A esas muestras que son filtradas por el tamizaje y presentan algunas características específicas de ómicron se les debe hacer un análisis más profundo para confirmar o descartar que realmente lo sean.
Si se determinara que una muestra tiene algunas características compatibles con ómicron se realiza el paso definitivo. Llega al Laboratorio de Genómica, coordinado por Duarte, y ahí se hace un análisis gen por gen del virus.
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