Liga Deportiva Alajuelense se rige como asociación deportiva y sus asociados eligen a los integrantes de la Junta Directiva.
Según los estatutos, la asociación será dirigida y administrada por una Junta Directiva, integrada por diez miembros que ocuparán los siguientes cargos: presidente, vicepresidente primero, vicepresidente segundo, secretario, prosecretario, tesorero, protesorero, vocal primero, vocal segundo y vocal tercero. Además, se cuenta con el fiscal financiero y el fiscal legal.
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Los directores y los fiscales serán nombrados por dos años en la primera quincena de junio del año que corresponda y tomarán posesión el 30 de junio del año que corresponda, y podrán ser reelectos consecutivamente hasta por dos períodos iguales más, en el mismo puesto o en cualquier otro.
La misma persona solo podrá ser nuevamente elegida en cualquier cargo de Junta Directiva después de un año calendario después de que termine su función, salvo que por consideración a los méritos de una óptima gestión, la asamblea considere importante su continuidad más allá de los tres períodos.
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En ese caso, podrá hacer una excepción a esta limitación siempre y cuando sea una votación mínima de las dos terceras partes de los asociados presentes en la asamblea.
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La renovación de la Junta Directiva se hará por mitades en forma alterna, asimismo los fiscales se elegirán uno cada año de la siguiente forma:
- Año impar el presidente, el vicepresidente segundo, el tesorero, el prosecretario, el vocal segundo y el fiscal legal.
- Año par el vicepresidente primero,el secretario, el protesorero, el vocal primero, el vocal tercero y fiscal financiero.

En ambos casos de la elección de los fiscales, su postulación o candidatura al cargo será presentada en una papeleta aparte de cualquiera de los grupos que opten por puestos en la Junta Directiva.
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La Junta Directiva actual de Alajuelense
- Presidente: Joseph Joseph.
- Vicepresidente primero: Enrique Morúa.
- Vicepresidente segundo: Raúl Pinto.
- Tesorero: Rigoberto Carvajal.
- Protesorero: Marco Zúñiga.
- Secretario: León Weinstok.
- Prosecretario: Tomás Guardia.
- Vocal 1: Tara Key.
- Vocal 2: Óscar Alvarado.
- Vocal 3: Ricardo Prada.
Fiscales
- Fiscal legal: Juan Carlos Tristán.
- Fiscal financiero: Luis Guillermo Salazar.